fabriquer un fichier de séquences pour Anagène avec Mega 4.1

Les nouveaux programmes de seconde demandent d'explorer la biodiversité de l'échelle des écosystèmes à celle des gènes. Il peut être intéressant de présenter la biodiversité des organismes et la biodiversité génétique sur un échantillonnage d'espèces commun. Cela nécessitera la plupart du temps de constituer un fichier de séquences correspondant aux espèces étudiées dans la nature ou dans un Musée. Ce fichier est ensuite exploité avec Anagène.

La voie la plus rapide pour acquérir des fichiers de séquences pour Anagène est bien entendu de consulter la banque de séquences disponible sur le site de l'INRP. De nombreuses séquences y sont classées en fonction des intitulés des programmes en cours. Pour ceux qui disposent de données acquises par d'autres moyens, Anagène dispose aussi de modules de création et d'édition de données. L'aide du logiciel donne la marche à suivre.

Dans l'exemple traité ci-dessous, l'utilisation des collections du Muséum d'Histoire Naturelle de Nantes a conduit à comparer un lion (Panthera leo), un tigre (Panthera tigris) et une Panthère (Panthera pardus). Ces données n'étant pas disponibles sur le site de INRP, l'utilisation de données du NCBI (National Center for Biotechnology Information) a permis de mener à bien la comparaison avec Anagène des séquences du gène de la cytochrome oxydase b de ces espèces. La démarche pédagogique est décrite dans une ressource séparée.

Dans la construction des fichiers au format .edi pour Anagène, le logiciel Mega 4.1 est d'un très grand secours et permet d'éviter les étapes les plus fastidieuses. La présente ressource ne prétend pas être un tutoriel complet de Mega mais décrit les étapes nécessaires à la fabrication d'un fichier de séquences opérationnel pour Anagène.

Télécharger et installer Mega 4.1
Interroger la base NCBI
Importer les séquences au format mega
Constituer et utiliser le fichier au format .edi
Remerciements